ตำบลท่าขนุน เป็นตำบล 1 ใน 7 ตำบลของอำเภอทองผาภูมิ แบ่งการปกครองออกเป็น 5 หมู่บ้าน และได้รับยกฐานะจากสภาตำบลท่าขนุน เป็นองค์การบริหารส่วนตำบลท่าขนุนตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเรื่อง จัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบล เมื่อวันที่ 2 มีนาคม 2538 ในระยะเริ่มแรก ใช้ที่ว่าการอำเภอทองผาภูมิ (หลังเก่า) เป็นที่ทำการ และเมื่อปี พ.ศ.2545 ได้จัดซื้อที่ดินเป็นขององค์การบริหารส่วนตำบลเอง จำนวน 40 ไร่ บริเวณ หมู่ 1 ตำบลท่าขนุน และก่อสร้างอาคารสำนักงานเป็นของตนเอง เลขที่ 236 หมู่ 1 ตำบลท่าขนุน ติดทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 323 และวันที่ 29 มิถุนายน 2554 องค์การบริหารส่วนตำบลท่าขนุน ได้ยกฐานะเป็นเทศบาลตำบลท่าขนุน ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง การจัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบลท่าขนุน อำเภอทองผาภูมิ จังหวัดกาญจนบุรี เป็นเทศบาลตำบลท่าขนุน และใช้อาคารสำนักงานองค์การบริหารส่วนตำบล (เดิม) เป็นที่ทำการ